Kodai reçut le pouvoir de voir le futur lorsqu'il était plus jeune. Ce pouvoir lui a donné une immense envie de pouvoir et il est donc devenu très célèbre. Malheureusement, au jour d'aujourd'hui, ses pouvoirs s'atténuent. Il doit donc trouver Celebi, afin de retrouver ce don. Ainsi, il a kidnappé une mère Zoroark et son fils Zorua. Kodai a ensuite emprisonné Zorua et fait chanter sa mère en lui disant que si elle n'exécutait pas ses désirs, elle n'allait jamais revoir son fils. Cependant, Kodai ne sait pas que Zorua s'est échappé de son avion et qu'il s'est écrasé dans une forêt. Zoroark, alors toujours convaincue que son fils est en danger, exécute l'ordre de Kodai : mettre la panique à Couropolis, la ville où se trouve Celebi. Ce dernier sortira alors de sa cachette et Zoroark pourra le capturer. Elle va donc se transformer en Entei / Raikou / Suicune et détruire Couropolis. Pendant ce temps, Zorua, accompagné de Sacha et ses amis, essaie de retrouver sa mère...