Dans un futur proche, le militant islamiste tchétchène Basayev enlève les enfants du Président des États-Unis et prend le contrôle de la centrale de Tchernobyl, menaçant de déclencher un nuage radioactif si ses demandes ne sont pas exaucées. Après des années d'hibernation, l'Universal Soldier Luc Deveraux est réveillé pour intégrer une toute nouvelle équipe secrète d'UniSols afin de déjouer les plans du terroriste. Mais Luc découvre que l'un des Universal Soldiers réanimés est un clone de son vieil ennemi, le dégénéré Andrew Scott. Il doit également faire face au NGU, un soldat nouvelle génération possédant la biotechnologie des Universal Soldiers, devenu incontrôlable...