On retrouve donc dans ce la Guerre du Graal à laquelle Emiya Shirou, un garçon idéaliste, se trouve embarquer en tant que magicien et maître de Saber contre son gré. Il s'alliera rapidement avec Tohsaka Rin et son servant Archer. L'histoire se concentre ici sur la relation entre Emiya, Rin et Archer.