Trois frères, Tom Tom, Rocky et Colt, ont été initiés à l'art ninja par leur grand-père Mori. Au retour de vacances passées chez lui, ils se rendent au parc d'attraction de Mega Mountain en compagnie de leur jeune voisine Amanda, férue d'informatique et experte en aéromodélisme. Rocky retrouve sa petite amie sur place et tous vont rendre visite à leur idole, Dave Dragon, une star de la télévision dont la série vient d'être arrêtée. Ce dernier a été drogué par Medusa, une terroriste.Titre original : 3 Ninjas: High Noon at Mega Mountain