Une nuit de l'année 1897, alors que l'inventeur Mr Flaversham célèbre l'anniversaire de sa fille Olivia, une horrible créature proche de la chauve souris interrompt la fête et kidnappe l'inventeur. Terrorisée, Olivia part chercher de l'aide auprès du célèbre détective Basil. Elle rencontre sur le chemin de Baker Street le Docteur David Q. Dawson, son associé et médecin militaire de retour d'Afghanistan. Après avoir mentionné les faits, Basil ne semble pas très receptif jusqu'au moment où il comprend que l'auteur de l'enlèvement ne peut-être que Fidget, la chauve-souris, fidèle mais stupide serviteur, du Professeur Ratigan. Ce dernier est un cruel et démoniaque rat, régnant sur les bas quartiers de Londres et qui n'a pour but que de renverser la Reine des Souris au Palais de Buckingham. Basil décide alors de mener l'enquête contre son ennemi de toujours pour sauver Mr Flaversham. Titre original : The Great Mouse Detective