Les enfants du wagon raconte l'histoire de quatre frères et soeurs orphelins – Henry, Jessie, Violet, et Benny – qui arrivent dans une ville endormie, un soir d'orage, à la recherche d'un abri et de nourriture. Les enfants découvrent un wagon abandonné, et avec un peu de créativité et de travail, ils le transforment en une véritable maison. Craignant d'être forcés de vivre avec leur grand-père, réputé cruel et qu'ils n'ont jamais rencontré, les enfants gardent leur nouvelle maison secrète – jusqu'à ce qu'une maladie grave les force à se révéler afin de sauver la petite Violet.