Alors que l'humanité panse ses plaies, après les événements de Transformers : La Face cachée de la Lune, les Autobots et les Decepticons ont disparu de la surface de la Terre. Mais un groupe formé de financiers et scientifiques puissants et ingénieux étudient les invasions successives des Transformers, afin de repousser les limites de la technologie au-delà  de ce qu'ils peuvent contrôler. Et pendant ce temps, une menace Transformer ancienne et puissante prend la Terre pour cible.