Une catastrophe sans précédent s’abattit sur la Terre au 20e siècle. Le monde entier fut détruit par un impact de météorites. Toutefois, le mana, un élément inconnu découvert dans ces météorites, permit une avancée considérable des compétences de l’Homme et donna naissance à une nouvelle humanité dotée de pouvoirs particuliers : « Genestella». L’histoire se déroule à Rikka, la ville académique sur l’eau, appelée généralement Asterisk et composée de six académies de magie. La ville est considérée comme le lieu du plus grand tournoi d’académies du monde. L’élève boursier Ayato Amagiri arrive à l’académie Seidôkan, et pour réaliser son souhait jure de se battre dans cette ville. Le plus grand des spectacles de combats d’académies commence ici !.